خلافت على ابن ابيطالب ( ع ) ( 35 - 40 ه . ق . ) ( 640 - 655 م . ) على ( ع ) بعد از قبول خلافت به تغيير حكام بلاد و برداشتن عمال زمان عثمان همت گماشت و در اين ايام طلحه و زبير مردم را برضد خلافت على ( ع ) تحريك مىكردند . سرانجام مخالفان خلافت على ( ع ) ، بصره را تصرف كردند . على ( ع ) براى سركوبى شورشيان عازم بصره شد و در سال 36 هجرى ( 656 م . ) جنگ سختى بين طرفين در محل خريبه درگرفت كه به شكست شورشيان منجر شد . چون در اين جنگ عايشه سوار بر شترى شده بود و از بالاى شتر ، سپاه را به جنگ با على ( ع ) تشويق مىكرد ، اين جنگ به جنگ جمل معروف شد . بعد از اين جنگ ، على ( ع ) معاويه را دعوت به بيعت كرد . ليكن معاويه به تحريك عمرو ابن عاص مصمم به جنگ با على ( ع ) شد . در سال 37 هجرى در محل صفين ( بين كوفه و شام ) بيش از يك ماه ، طرفين در برابر هم صف‌آرايى كردند . همين‌كه معلوم شد سپاهيان على ( ع ) غلبه خواهند كرد ، معاويه با صلاحديد عمرو عاص تقاضاى متاركه كرد و مقرر شد طرفين دو حكم انتخاب كنند و حكم آن دو را محترم بدانند و اجرا كنند . طرفداران معاويه عمرو عاص و طرفداران على ( ع ) ابو موسى اشعرى را به حكميت برگزيدند . پس از اعلام حكم حكمين ، عده‌اى از پيروان على ( ع ) ، به اين بهانه كه حاكم بين مسلمين فقط خداوند است ، از بيعت با على ( ع ) سرباز زدند و به قتل و آزار مسلمانان پرداختند . اين جمع به نام خوارج معروفند . على ( ع ) در سال 39 هجرى ( 659 م . ) در جنگ نهروان عدهء زيادى از آنها را كشت . ديرى نگذشت كه در سال 40 هجرى ( 660 م . ) على ( ع ) در مسجد كوفه به دست عبد الرحمن ابن ملجم مرادى مضروب شد و سه روز بعد به شهادت رسيد . خلافت امام حسن ( ع ) ( 41 ه . ق . ) ( 661 م . ) بعد از شهادت على ( ع ) اهالى كوفه با امام حسن ( ع ) ، پسر بزرگ على ( ع ) بيعت كردند و وى را به جنگ با معاويه تحريك كردند . امام حسن ( ع ) با سپاهى از كوفه عازم مدينه شد ليكن از يك طرف اختلاف بين سپاهيانش بروز كرد و از طرف ديگر امپراتور روم شرقى